九项改革试点工作提出，要力争通过一年左右的实施工作，形成一批具有示范效应的试验成果和可复制、可推广的改革经验；两至三年，在全国更大范围内开展推行试点，发挥更大示范带动效应，不断将交通运输改革引向深入。在具体内容上，改革试点主要涉及交通运输综合改革、综合交通运输改革、交通运输综合行政执法改革、交通基础设施投融资政府与社会资本合作等模式探索、部属事业单位分类改革、公路建设管理体制改革；区域港口发展一体化探索、京津冀城乡客运一体化探索以及“平安交通”安全体系建设。其中，港口发展一体化试点主要在江苏和广西两省展开，江苏重点探索整合锚地、航线资源，促进岸线集约利用，优化港口功能布局；广西重点整合港口行政资源，完善以资本为纽带的经营模式。

　　为了结合实际，提升行业支撑产业升级、服务经济发展的能力和水平，《意见》则在九个方面进行了具体的发展部署，即：完善交通运输物流基础设施、发展先进运输装备与组织方式、鼓励物流企业转型升级发展、加快重点领域物流发展、提升交通运输科技服务能力、强化交通运输节能环保服务、加快发展交通运输技术咨询服务、加强交通运输计量检测认证能力建设、提高交通运输人力资源服务水平。

　　在水路运输领域，《意见》提出，要结合国家战略，加快内河水运建设，加快综合运输通道上重要物流节点规划建设，强化运输组织和相互衔接；鼓励发展商品汽车滚装船等专用船舶和高效能、清洁动力船舶，加快推进内河船型标准化，提高内河运输效能；实施好融资租赁船舶认定为航运企业自有运力的政策；深入推进集装箱铁水联运试点示范工作，加快研发和推广应用江海直达船型，研究开展集装箱、散货江海直达运输示范工作，大力发展多式联运；支持港航企业扩大经营规模和服务范围，延伸服务链条，加快向现代物流经营人转型；培育和推进无船承运人等货运中介组织向现代物流服务商转变；研究提出水路交通运输企业参与合同能源管理、节能减排自愿协议、碳排放权交易等节能减排市场建设的相关政策；完善运营船舶燃料消耗的市场准入制度、重点企业环保监管制度、研究推进新建船舶燃料消耗量和二氧化碳排放量准入制度等。