坐拥长江黄金水道，重庆水运优势得天独厚。2013年提出将承东启西的地理优势、综合交通优势转化为服务区域经济发展的区位优势，在2017年建成长江上游航运中心。

2013年，重庆紧抓住内河水运发展上升为国家战略的历史机遇，全力推进长江上游航运中心建设，水运实现了新突破。全市港口货物和集装箱吞吐量1.37亿吨、91万标箱，同比分别增长9.5%、12.8%。嘉陵江三期25公里三级航道整治工程基本完工，乌江河口45公里航道建设进度加快，库区抱龙河、梅溪河等重要支流航道整治工程启动实施，乌江万足至龚滩市级文明样板航道创建工作圆满完成。

2013年12月5日，全国内河在建的最大枢纽型港口——主城果园港正式开港营运，新增集装箱吞吐能力50万标箱，实现了水运、公路和铁路的立体物流网络“无缝对接”，未来该港口将与渝新欧国际铁路相连，形成东接太平洋、西联大西洋的铁水一体化物流枢纽。此外，万州神华码头等建设进展顺利，淘汰转型老旧码头70座，拆解各类老旧运输船舶310艘、28万载重吨；全市货船平均吨位达到2460载重吨、船型标准化率达到70%，均居全国内河第一。

与此同时，重庆航交所融资担保公司和人才服务中心组建成立，交通电子口岸服务范围不断扩大，航运信息发布、金融、保险等服务能力日益增强，全年完成交易额55亿元、同比增长19%。在全国水运生产持续低迷的形势下，全市水上货运指标继续以10%以上的速度高位增长。

如今，重庆已成为长江上游惟一拥有水运一类口岸、保税港区和5000吨级深水航道的地区，多项水运指标位居全国内河第一，正在成为“长江上游航运中心”。

 2014年，重庆将继续加强水运基础设施建设，计划完成投资28亿元。完成嘉陵江石门航道炸礁工程，加快乌江河口至白马三级航道建设；完成主城果园进港铁路主体工程、新增集装箱吞吐能力20万标箱，加快万州新田港等项目建设，开工巴南佛耳岩二期工程；完成老旧运输船舶拆解120艘，鼓励发展节能、安全、环保型船舶，大力推广应用三峡船型；推进港口公用锚地建设，逐步形成与吞吐能力相适应的配套锚地体系。