南通检验检疫局统计，2013年，南通口岸海峡两岸直航船舶数量达到69艘次，共计运载货物30.5万吨。直航船舶数创南通口岸新高。

南通港作为江苏首批12个对台直航港口之一，与台湾港口之间有着密切的经贸往来。据悉，台湾各港口与南通港往来货物主要有化工原料、硫黄、铜精矿及氧化铁皮等，其中化工原料占到五成以上，台湾地区已成为继韩日之后南通口岸进口化工原料的又一重要来源。