2006年，原漳州港招银、后石、石码港区并入厦门港，港政、航政、水运实行统一管理，厦漳两地港口资源整合从此开启。2010年东山湾内古雷、东山、云霄和诏安四港区整合到厦门港，厦门港“环两湾辖十区”的新格局正式形成。

整合后，厦门港口管理部门按照“先整合后理顺，边运行边规范”原则，大力推行“同港同策”，将原厦门港区享受的优惠政策，逐步延伸到漳州港区。

经过港口体制一体化改革后，厦门港区的品牌优势和漳州港区深水岸线资源、临港腹地优势互为补充，港口资源整合的效应逐步显现。2006年，厦门港货物吞吐量7792万吨，集装箱401.87万标箱;发展到2012年，厦门港货物吞吐量17227.32万吨，集装箱720.17万标箱。厦门港在世界集装箱港口的排名从2005年的第24位上升至2012年的第19名。

根据《厦门港总体规划(修编)》，未来，厦门港全港规划可形成码头岸线总长约94.3公里，规划泊位379个，规划可形成通过能力约5.8亿吨/年，其中集装箱通过能力2020万标箱/年。