如何管理铁路运价，是铁路市场化改革所不能回避的基本问题。铁路货物运价既关系到铁路运输企业的经济效益，更关系到国计民生，铁路货物运价的一举一动，都可能对国家的基本物价指数产生影响。

在国务院发布关于改革铁路投融资体制加快推进铁路建设的六条意见中对制定铁路运价的方法提出了原则性的要求，即按照铁路与公路保持合理比价关系的原则，建立铁路货运价格随公路货运价格变化的动态调整机制。把铁路运价与公路运价梱绑在一起，可能是考虑到都是陆路运输，两者之间有一定的可比性。但是由于公路运输市场化程度较高，议价较为广泛，特别是综合物流的发展，运输服务只是整个物流服务的一个组成部分，其运费体现在综合物流服务费中。而且公路运输区域性很强，不同地区之间的差别也很大，如何形成一个合理的适用于全国公路运输价格指数至关重要。铁路运输主要是大宗产品，其长距离、大运量的优势是公路运输无法比拟的，因此，铁路运价标准除了要考虑公路运价外，更重要的是要明确铁路运价的构成，即铁路货运价格由那些要素组成，这是核定铁路货运价格的基础。从铁路法和价格法的规定来看，铁路货运价格至少应由三部分组成：一是货运成本；二是税费；三是合理利润。其中最为复杂的是货运成本。多少年来，对于铁路货运成本一直未能有一个很好的核算方法，导致铁路货运定价缺少科学的、客观的依据。在铁路货运价格体系不断完善的过程中，一定要弄清铁路货运成本，要根据货物品类、性质、运输方式、装载等具体情况，对铁路货运成本作出科学的系统的测算，作为国家制定铁路货物运价的基础指标，在此基础上，合理确定铁路货运利润水平。

在铁路货运价格制定过程中，要改变过去一直以货物重量作为计算运费的依据的做法，对一些价值高、重量轻的货物，允许铁路运输企业以货物价值计算运费。在目前铁路对货物的损失实行限额赔偿的情况下，按照货物重量计算赔偿价格对货主是不公平的，而按照实际损失赔偿对铁路承运人又是不公平的。因此，在两者之间寻找一个共同点是必要的，即按照重量承运的，按重量赔偿；按照价值承运的，按价值赔偿，这应当成为处理铁路货运事故损害赔偿的基本原则。反映在铁路运价管理方面，需要在立法上明确铁路货物运费以货物重量为基础、货物价值为补充的计费方式，具体方式可以由当事人自主协商选择。