为促进海峡两岸海上直航发展，交通运输部下放福建至金门、马祖、澎湖海上运输审批监管，进一步简化审批环节，原先的部、省、市三级审批制度改为福建省交通运输厅直接受理审批。   

福建省交通运输厅日前修订了《福建沿海地区与金门、马祖、澎湖间海上运输管理暂行规定》，明确今后申请经营“小三通”的大陆地区航运公司，直接向福建省交通运输厅提交申请；台湾地区航运公司委托其在大陆的船舶代理公司，向福建省交通运输厅提交申请。已从事“小三通”的航运公司和船舶的“台湾海峡两岸间水路运输许可证”和“船舶营运证”，从年审换证起，由福建省交通运输厅核发。

下放审批监管的同时，交通运输部还促进市场开放，“小三通”经营主体由原先仅限在福建和金马澎注册的企业，改为两岸注册的两岸资本且具有企业法人资格的航运公司使用两岸资本并在两岸登记的船舶均可申请经营。