琼州海峡是海南岛与大陆的海上交通大通道，是全国“四区一线”水上交通安全监管重点区域。自解放初期开辟水上运输航线以来，至今已有60多年历史。1977年，琼州海峡出现客滚船运输方式，随着海南国际旅游岛的建设，琼州海峡已形成了国内最大的客滚船运输市场。

1983年初，原交通部提出“有路大家走车，有水大家行船”，运输市场向社会开放。广东和海南的航运公司纷纷购（造）船只，参与琼州海峡运输市场竞争。1990年，两省分别成立了专门机构——广东（海南）省琼州海峡轮渡运输管理办公室，协调维护客滚运输秩序，每月召开经济平衡会，使两省达到经济对等。所谓“经济对等”，即在船舶配载时，使广东企业总的运输量与海南企业总的运输量保持一致，多运的一方在规定时间进行利益返还。但在经济对等的模式下，运力更新缓慢、运输服务质量无法提高、企业间不能公平参与竞争等问题，制约了琼州海峡客滚运输市场的进一步发展。

为了适应市场经济的发展，2002年，原交通部颁发《关于改革琼州海峡客（滚）管理的通知》（交水发〔2002〕420号），决定取消运力对等和经济对等，客滚运输船舶按照到港先后顺序轮班运营。但其间由于管理制度和监督约束机制并不健全，企业间无序竞争造成了很大的资源浪费，经济效益下滑严重。

2005年,两省海峡办制定《海峡客滚船配载管理办法》，按省籍将船舶分为粤、琼两个系列按先后顺序以1：1的比例由港口调度安排配载，每月由两省海峡办对配载情况进行综合平衡，调节两省船舶次月航班配载比例，即航班对等，这一做法大体延续执行至今。

近年来，广东省企业更新船舶的力度大于海南省企业。“航班对等”造成广东的单船营运航次数少于海南的船舶情况。航次少，利益就小。为此双方展开了长达八年的口水战和各种摩擦。多次出现双方打空回港，相互抵制的事件，导致大量车辆和人员在港口的长时间滞留，由于相互打压，甚至造成外省船舶在海上待泊时间长达十几个小时。

为进一步加强对两省的协调，2013年6月3日，交通运输部印发了《关于加强琼州海峡客滚运输市场管理的意见》，确定了在琼州海峡现有全部客滚船实施“轮班运营、定时发班”的运营模式。

在珠航局的组织协调下，8月下旬，广东、海南两省交通运输厅制定并联合印发了《琼州海峡客滚船舶轮班运行的实施方案》，规定船舶发班模式将根据琼州海峡客滚运输的实际繁忙情况，客滚船舶发班分为白天定时发班和夜间滚动发班。需要紧急输运时，启动应急响应方案，以尽快输运旅客、车辆为宗旨，实行滚动发班。