根据云南省外贸企业需求和现有系统技术条件，“简化无纸化通关随附单证”、“简化统一进出境备案清单”、“企业自律管理”、“企业信用信息公开”4项制度被作为首批施行的4项海关监管创新制度。此次被确定为首批复制推广的4项制度均已在上海自贸试验区内成功推行，在昆明关区实施后，云南省海关特殊监管区域内的进出口企业即能享受到与上海自贸试验区内企业相同的通关便利。

　　“简化无纸化通关随附单证”，即在通关环节简化对企业申报提交的纸质随附单证，对一线进出境备案清单及二线不涉税的进出口报关单取消提交部分随附单证。

　　“简化统一进出境备案清单”，将不同类型的海关特殊监管区域备案清单统一格式，同时申报要素统一由之前的40项规范为30项。以上两项创新制度，将大大简化企业报关手续，通关作业自动化率和企业通关效率成倍提高，减轻企业负担，加强外贸竞争优势，同时也将为云南省海关特殊监管区域一体化运作打下坚实基础。

　　“企业自律管理”，进出口货物放行后，经海关注册登记的特殊监管区内A类以上企业发现可能存在涉嫌违法或其他情事主动书面报告海关的，海关依法予以从轻、减轻处理。

　　“企业信用信息公开”，可通过昆明海关门户网站查看公开内容，包括经海关注册登记的海关特殊监管区区内B类以上企业的注册登记信息等信用相关基础信息、企业海关信用分类等级信息、以海关《行政处罚决定书》等书面形式确认的企业及有关责任人员的违法信息，同时监管区内企业可依据实际需求向海关申请开具本企业信用状况证明。